中田(任大为 饰)等人得知莫采石(巫刚 饰)和程慈航(乔振宇 饰)都去参加酒会，他们趁着夜色摸进莫采石家里，四处乱翻东西时不小心弄出很大的声响，莫太太(吴玉芳 饰)误以为程慈航回家，连忙出门查看，被中田等人刺翻在地。
程慈航得知家中出事的消息匆匆赶回家里，他发现莫太太没有大碍之后，忙到现场勘查。程慈航根据现场情况推断，此事应该是中田等人所为，他隐隐感觉到中田背后站着的死神，立即莫名紧张起来，他要和中田等人抢时间。
家里发生这样的事情，莫采石感到很没面子，他让马副官(孙毅 饰)封锁消息，加强安保并彻底调查事情真相。马副官立即把欧阳倩(安以轩 饰)和刘猛等精干力量派到莫厅长家。接受任务的欧阳倩发现能文能武的程慈航竟然不会熬中药，连忙交给程慈航熬药的方法。程慈航专注地看着欧阳倩忙碌的身影，入神地想起小玉的样子，他对欧阳倩提出的问题答非所问。为了打破尴尬的气氛，欧阳倩连忙和程慈航聊起了案子，程慈航让欧阳倩帮助自己从肖主任被杀案入手，调查五九档案丢失的真相。
欧阳倩领着程慈航到了案发现场，刘阿常(马仑 饰)认为程慈航和严达庆(王品一 饰)不对付，赶忙通知严达庆。正当程慈航准备到二楼勘察时，严达庆带人把程慈航赶出现场。身为首席独立大侦探，不仅不能参与案件调查，还被严达庆持枪威胁，程慈航忍无可忍，一把夺下严达庆的手枪。严达庆不甘心就此罢手，接到手枪后毫无君子风范冲着程慈航和欧阳倩扣动扳机，谁知弹匣早被程慈航卸下。
莫采石得知严达庆状告程慈航妨碍公务，感到很是为难，因为程慈航的父亲曾经救过莫采石的性命，莫采石早已把程慈航当做自己的儿子。莫采石告诉程慈航为了自身安全一定要放弃对案件的调查。程慈航坚持要侦破此案，因为五九档案除了涉及个人恩怨外，还涉及民族尊严。莫采石看到程慈航决心如此之大，勉强同意程慈航以布衣侦探的身份参与破案，但是要遵循“刚者易折，柔者长存”的处事原则，在暗流涌动的警察厅小心从事，保护好自己。
严达庆得知附近只有汤山别墅17号养着一匹汗血宝马，它的马毛和现场遗落的一致。为了破案不惜一切的严达庆马上带人到汤山别墅进行抓捕。莫采石知道此别墅住着的是陆军上将胡宗南的亲舅舅，此人脾气火爆，莫采石为严达庆感到担心。果然，莫采石话音未落，严达庆就满脸是伤地回来了。
碰了钉子的严达庆只好找到程慈航，让他帮忙破案，并把赵军安插在程慈航身边。
程慈航分析认为，此马鬃是做小提琴的用料，他让欧阳倩帮忙查找南京城所有的西洋乐器行。接受任务的欧阳倩赶忙回到大院，让师妹李丽兰(王伟 饰)立即进行查找。拿到资料，程慈航决定从紫金乐器行查起。程慈航和欧阳倩在紫金乐器行的制造车间仔细搜查，突然，一块巨大的木板冲着他们砸了下来。程慈航赶忙用手挡开木板，把欧阳倩揽在怀里，这时，他发现一个黑影一闪而过。就在程慈航准备追赶时，外面响起了枪声，程慈航从枪声里判断出来者是严达庆。果真如此，原来严达庆接到刘阿常密告，害怕程慈航抢功，赶忙匆匆来到现场。警察四处搜查发现一个包裹，里面装满了金银珠宝，这些应该是凶手从肖主任顺手捎过来的。程慈航以严谨的推理，告诉大家直接到这家乐器行的原因，让警员们佩服不已，连严达庆都颔首称是。调查乐器行厂长得知，此包裹的主人是工人李大壮，程慈航推断这根马鬃应该是他在作案时系扣子所用。
严达庆等人匆匆赶到李大壮家，发现李大壮已经因为吸食鸦片过量身亡，严达庆认为可以结案。程慈航仔细查看时发现，李大壮颈部有个很小的出血点，他怀疑警察局有内鬼。
霍然(屈刚 饰)也认为肖主任被杀案成功告破，他对严达庆和程慈航通令嘉奖。程慈航认为此案尚存疑点，他告诉莫采石不能仓促结案，要求给自己三天时间查清真相。
程慈航对五九档案的执着，让莫采石隐隐担忧，他不知道程慈航在这个诡异莫测的复杂危局中会闯下什么滔天大祸。