莫采石(巫刚 饰)不同意警察署长霍然(屈刚 饰)的提议，严达庆(王品一 饰)也跟着随声附和，莫采石命令严达庆全权负责此案。原来，警察署长霍然和警察厅长莫采石一直暗中较力，他们都在尽最大力量保护自己的力量，只有一心想出风头的严达庆不明就里。
关天平(司源 饰)怀疑昨天抓住的人可能是程慈航(乔振宇 饰)，欧阳倩(安以轩 饰)准备试探此人一番。果然，程慈航看到车夫杀人案件卷宗之后，对刘阿长搜集的证物很是不屑，他要求到案发现场仔细勘察。欧阳倩看程慈航没有借机溜走的意图，就带领程慈航到了案发现场。正在勘察，死者的哥哥匆匆跑了进来，程慈航根据这个人的外貌、衣着和神态，立即判断此人就是凶手，并还原案发现场。确凿而充分的证物、严谨而精彩的推理让大家心悦诚服。一桩冤案彻底侦破，欧阳倩再次询问程慈航和莫采石之间的关系，程慈航用箱子里的证件澄清自己的身份。然后，径直向莫采石家走去，在等待门卫通报的时间，程慈航从镜子里的倒影发现一直跟踪自己的欧阳倩，同时，发现还有人一直跟着欧阳倩。欧阳倩没想到，这位聪明睿智、武功高强的程慈航竟然真是莫采石的亲戚。
五九档案被盗，各方势力对此都虎视眈眈，中田(任大为 饰)代表的日军和欧阳倩代表的神秘组织仅仅是其中的两方而已。程慈航在博物馆附近仔细勘察，希望能够有所发现，一些证物闯进了程慈航的眼帘。这时，小野(乔波波 饰)派出的手下突然手持匕首向程慈航猛刺过来。程慈航抓住一人交给赶来支援的欧阳倩，自己则追赶趁机逃跑的那个人，无路可逃的日本特务吞毒自尽。程慈航匆匆回到原地，看到另一个也被刺死，欧阳倩谎称此人拒捕被杀，程慈航发现一个匆匆离开的身影。还没有来得及多问，就有警察循声而至，欧阳倩赶紧让程慈航离开。
一切安排停当，欧阳倩追上程慈航询问他到底发现了什么。程慈航告诉她，证据显示，作案的应该是一胖一瘦两个人，他们可能在铁矿上工作。二人准备到北矿区调查一下。
先入为主的严达庆认为是内鬼作案，他把博物院所有员工集中起来进行调查，却劳而无功。同时，不太自信的他还让刘阿长排查南京所有飞贼的情况。案情通报会上，刘阿长宣布调查的结果，此案为绰号“夜蝙蝠”的天下第一飞贼许老二所为，此人一直隐姓埋名住在北矿区。严达庆立即集合警察直奔北矿区而来。
看到蜂拥而至的警察，许老二师徒意识到大事不妙，仓皇逃窜。途中，许老二徒弟脚下一个趔趄，倒在地上。严达庆领着警察迅速赶到，层层包围住此人，此人困兽犹斗，一把拉过一位站在路边的小姐当做人质。被劫持的竟然是霍然的女儿、严达庆的未婚妻霍蜜儿(郭晓婷 饰)，看到心上人在歹徒手中，又气又怒的严达庆束手无策，在他犹豫不决之际，正巧赶到的程慈航以迅雷不及掩耳之势冲到歹徒身旁，三下五除二制服歹徒，成功救出霍蜜儿。英雄救美，霍蜜儿对着程慈航花痴般地问东问西。看到霍蜜儿如此表现，严达庆醋意大发。
美国政府对五九档案觊觎已久，派顾问团特别助理哈金斯上校到莫采石处拜访。莫采石得知哈金斯的真实目的，准备闭门不见，暂避其锋芒。
程慈航返回自己逃跑的地方，找到小玉用生命换来的部分五九档案。他想到了小玉对自己的嘱托：把五九档案公之于众，让全世界惩罚那些用中国人做实验品的日本人。