回到南京,程慈航(乔振宇 饰)一次次想用真诚打动欧阳倩(安以轩 饰),欧阳倩看到程慈航纠缠不休,违心地说方捷(张天霖 饰)确实是自己男朋友。这个结果可以解释欧阳倩的反常,但这个最坏的结果让程慈航陷入绝望。
锦线还没来得及把假五九档案这个烫手山芋扔给哈金斯,中田(任大为 饰)派出的特工就盯上了齐掌柜的健康药店。从外面回来的李丽兰(王伟 饰)和齐掌柜发现有人在健康药店设伏之后,李丽兰为了保护更多的锦线弟子不受伤害,坚持要拿回锦线的秘密文件。经过一番激烈的搏斗,李丽兰和齐掌柜杀死敌人,匆忙中的李丽兰害怕文件有所遗漏,一把火烧了健康药店。
绝望的程慈航只好用查找五九档案来麻醉自己,他找莫采石(巫刚 饰)询问五九档案的消息。莫采石以长者的姿态劝程慈航,欧阳倩不值得他继续爱下去,霍蜜儿(郭晓婷 饰)才是他最合适的伴侣。这时,严达庆(王品一 饰)来报告锦线堂口发生凶杀案。程慈航决定利用首席大侦探的权力,把锦线弟子全部逮捕,以此达到保护锦线的目的。程慈航周身弥漫出来的煞气,让本已心情平静的莫采石心神惶恐不已。
李丽兰发现连警方都对锦线下手,她让齐掌柜离开南京找马太太(朱亚英 饰)告知情况,自己要找哈金斯,把这个烫手山芋扔给美国人。李丽兰以五九档案会给锦线带来祸端为由要把五九档案交给哈金斯,哈金斯以为捡了个大便宜,他答应李丽兰,自己会向中国政府发外交照会针对锦线问题提出抗议。哈金斯刚从中央储备银行取出铁匣子,就遭到不明身份人的袭击。程慈航认为歹徒一定是为五九档案而来,他要立即找哈金斯问个清楚。国际饭店,上当受骗的哈金斯在程慈航面前假装糊涂,他告诉程慈航,袭击自己的应该是锦线弟子,督促程慈航对锦线展开抓捕。哈金斯漏洞百出的话让程慈航不知道是否应该对付马太太。
话说包子店老板看到报纸上大肆报道五九档案的消息,这才想起老乞丐交给自己的铁匣子,他翻箱倒柜找到之后,和报纸上的图片一比较,确认就是在江湖上引起血雨腥风的五九档案,包子店老板欣喜万分。五九档案重现江湖,齐掌柜准备告诉马太太这一消息,筹钱购买。行色匆匆的齐掌柜遭到警察的追捕,欧阳倩及时把她救下,安排齐掌柜走相对安全的水路。
程慈航仔细回忆欧阳倩在处理锦线问题上的种种可疑之处,他决定赶往江流湾探明真相。
江流湾,宫本在戚玉芳(付柔美琦 饰)的精心照料下,已经痊愈。不明就里的戚玉芳误以为这个姓杨的真是军官,面对宫本的甜言蜜语,戚玉芳邀请宫本陪自己到江北逛庙会。
江湖上的骚动引起南京城的混乱,霍然(屈刚 饰)告诉莫采石,蒋委员长对此非常生气,警察厅难辞其咎。关于五九档案的消息众多,一时真假难辨,莫采石赶忙进入卧室查看自己放在保险柜里的五九档案。
欧阳倩看到程慈航一身杀气直奔江流湾而去,她要不惜一切代价阻止程慈航抓到马太太,她赶到江边把马太太从半路截了下来。马太太决定从陆路进入戚家庄和戚成祖汇合。戚成祖亲自到码头迎接马太太,他看到程慈航领着一干警察对旅客进行搜查。程慈航发现戚成祖形迹可疑,让手下上前盘问。戚成祖谎称自己是江东村的王勇,对江东村情况很熟悉的警察让戚成祖到警察厅证明身份,锦线弟子刘三掩护戚成祖逃跑时被抓。这时,欧阳倩和关天平(司源 饰)赶来支援程慈航,程慈航让欧阳倩帮助自己查找锦线的秘密基地,他告诉欧阳倩,要把锦线所有成员抓捕归案。不明白程慈航良苦用心的欧阳倩谴责他忘恩负义,程慈航只好把自己真实的目的告诉欧阳倩。
得到五九档案赝品的哈金斯被江湖人士骚扰得没有办法,他要求莫采石代表中国政府官方召开新闻发布会澄清真相。